Personalidad controvertida como todas las de los inicios de la República del Perú, para unos autores fue la figura más patética de dicha etapa, compartiendo ese indigno honor con el Marqués de Torre Tagle. Se le reprocha su falta de carácter, su incapacidad para resolver atinadamente los grandes retos que se le ponía en frente, el haber sido un instrumento manejable de los liberales acaudillados por Luna Pizarro, y haber propiciado la invasión boliviana de Santa Cruz, que desembocó en una sangrienta guerra. Otros autores en cambio prefirieron resaltar el lado positivo de su personalidad, como su bondad y honradez. Nació en la hacienda Chuquisongo, cerca de Huamachuco, en el actual departamento de La Libertad. Militó al principio como oficial de las milicias coloniales, para enrolarse luego al bando patriota, participando con José de San Martín en la guerra de la independencia. Fue nombrado Prefecto del departamento de La Libertad, durante la dictadura de Simón Bolívar. Durante el gobierno de José de La Mar participó en la guerra contra la Gran Colombia. Tras el derrocamiento de La Mar se retiró a su hacienda (1829). Pero retornó a la vida pública como diputado por Huamachuco, en la Convención Nacional convocada en 1833. Al concluir el primer gobierno de Agustín Gamarra fue elegido Presidente provisorio de la República en 1833, ganándole a Pedro Pablo Bermúdez, el candidato preferido de Gamarra.
Bajo su gobierno se promulgó la Constitución liberal de 1834. Su mandato se vio turbado por su enemistad con los gamarristas.
Estos, encabezados por Bermúdez y La Mariscala (esposa de Gamarra) dieron un golpe de estado a principios de 1834, pero acabaron por ser derrotados. Asimismo tuvo que lidiar con el joven Felipe Santiago Salaverry quien se proclamó Jefe Supremo de la República en 1835, aprovechando que se hallaba fuera de la capital. Sin embargo, Orbegoso no perdió el control de la parte sur del país y, contando con el apoyo del entonces presidente de Bolivia, Andrés de Santa Cruz, recuperó el poder (aunque solo nominalmente) y regresó a Lima. En pago al apoyo que recibió de Santa Cruz, accedió a formar con éste la Confederación Perú-Boliviana.
Santa Cruz asumió el Supremo Protectorado de la Confederación y Orbegoso mantuvo únicamente la presidencia del Estado Nor Peruano. Al producirse la invasión de la Expedición Restauradora peruano-chilena, Orbegoso quiso representar el sentimiento peruanista y expulsar tanto a bolivianos como a chilenos. Sin embargo fue derrotado por los restauradores en el combate de Portada de Guías (1838).
Tras un intento de reconciliación con Santa Cruz, éste le conminó a abandonar el país. Orbegoso salió al destierro rumbo a Ecuador. Regresó posteriormente, aunque ya alejado de la vida política activa. Murió en Trujillo en 1847.
